U virů typu A se kromě vysoké mutagenity vyskytuje i nebezpečná možnost rekombinace: pokud dva různé subtypy viru napadnou tutéž buňku, mohou si prohodit část RNA a vytvořit radikálně odlišný virus se zcela novými vlastnostmi a schopnostmi. V tomto ohledu panují veliké obavy z kombinace většího množství vodního ptactva a drůbeže (kde se ptačí chřipka nejsnáze šíří) a rozsáhlého chovu prasat na jednom území, neboť prasata jsou infikovatelná jak savčími, tak i většinou typů ptačích chřipek (i těch, co většinu savců nenapadají), což zvyšuje pravděpodobnost nových „radikálních“ konstrukcí viru, které by mohly být nebezpečné člověku.