Chirurgická navigace v ORL oboru je v dnešní době používána zejména při endoskopických operacích vedlejších dutin nosních a na bazi lební. Jejím standardním konceptem je přesná lokalizace chirurgického nástroje v operačním poli zobrazením na monitoru „on-line“ ve třech na sebe kolmých rovinách v závislosti na porovnání s předoperačně provedenou zobrazovací metodou (buď CT nebo MRI, v současnosti je možná i tzv CT/MRI fůze) a to zejména při důležitých „nebezpečných“ krocích v průběhu operace. Navigační sonda je pak registrována nejčastěji na optickém (infračervený) nebo elektromagnetickém principu.