Slovo sekta znamená v překladu "něco odděleného". Z tohoto pohledu je každá skupina sektou, náboženskou, politickou,...
Běžně se ale používá k označení odděleného proudu, který jde špatným směrem vzhledem k původní skupině.
Proto byli původně všichni křesťané (=následovníci učení Ježíše Krista) označováno za židovskou sektu.

Slovo církev zase biblicky znamená společenství všech věřících. Původně vznikala společenství odděleně v jednotlivých městech na základě učení apoštolů a neměla moc možností se vzájemně stýkat a apoštolové je pak v dopisech oslovovali jako jednotlivé církve. Jedno slovo tak označovalo množinu i podmnožinu současně (v češtině je takových příkladů víc, ale teď se nemůžu na žádný vzpomenout).

Rozdíl mezi křesťanskou církví a křesťanskou sektou je hlavně v tom, že
1) pro církev je stěžejní to, co je napsáno v Bibli (nebo by mělo být), která je všeobecně přijímána, byť se překlady mohou v drobnostech lišit, ale sekty mívají svoje vlastní překlady, které se liší obvykle dost, jiné naprosto neuznávají, a navíc mají i jiné spisy, které v jejich učení mají stejnou nebo vyšší autoritu než bible
2) nejvyšší autoritou církve je Bůh, nejvyšší autoritou sekty je nějaká její vedoucí osobnost.

Rozdíly mezi křesťanskými církvemi jsou obvykle v dávání důrazů na další spisy, v kostce katolická církev má těchto důrazů hodně, protestanti staví pouze na holé bibli. A letniční církve dávají k tomu ještě velký důraz na křest Duchem svatým a jeho projevy, což se u těch ostatních tolik (resp. vůbec) neřeší.