Problémy některých dětí při přestupu z WŠ do "normálních" škol jsou hlavně v tom, že se 9 let učí jinak, jsou zvyklé o všem diskutovat, podívat se na problém z různých úhlů, ale neumí se učit drilem, minus je v těch technických předmětech. Pak někdy nastává karambol. Na druhou stranu na stř. školách velmi často také neprospívají děti ze základek klasických, přesto, že jsou šikovné a chytré. Nejstarší dcera při nástupu na VŠ měla také problémy, ale rychle to dohnala a všechny zkoušky měla za 1. Na klas.základku vzpomíná jako na horor.
Je to stejné jako na jiných školách, všude jsou nějaké nevýhody. Každému dítěti nemusí škola vyhovovat, mám např. autist.syna a pro toho je WŠ přímo nevhodná, potřebuje řád a strukturu a ta na škole opravdu není. Každý rodič by měl znát silné a slabé stránky dítěte a také jeho potřeby a podle toho se rozhodnout. Pokud je to vyloženě malý vědátor už v předškolním věku, tak je lepší takhle zaměřená ZŠ. Naopak pro velmi citlivé děti, které špatně reagují na stres, je výborná právě WŠ.

Globání metoda čtení je něco jiného než genetická, při globální se děti učí číst celá slova najednou, při genetické se slovo rozkládá po jednotl. písmenech.